Nejzávažnější příčiny znečištění podzemních vod jsou převážně lidské činnosti, které zahrnují použití chemikálií, špatnou správu odpadů a intenzivní zemědělství.

Jednou z hlavních příčin je používání pesticidů a hnojiv v zemědělství. Tyto chemikálie, pokud nejsou správně aplikovány nebo jsou používány ve velkém množství, mohou prosakovat do podzemních vod a způsobovat jejich kontaminaci. Například dusičnany, které vznikají při aplikaci hnojiv, mohou znečistit podzemní vodu, což vede k nebezpečnému zvýšení koncentrace těchto látek, které mohou mít negativní vliv na lidské zdraví, zejména na děti.

Další významnou příčinou je znečištění způsobené průmyslovými aktivitami. Úniky chemických látek, těžkých kovů, ropných produktů nebo těžebními procesy mohou kontaminovat půdu a podzemní vody. To platí například pro oblasti kolem chemických továren, dolů nebo skládek, kde neexistují dostatečné ochranné mechanismy nebo správná regulace.

Třetí velkou příčinou je neadekvátní nakládání s odpady a odpadními vodami. Pokud jsou odpady z domácností, průmyslu nebo komunálních zařízení vypouštěny nebo ukládány na nevhodná místa, mohou se chemikálie a mikroorganismy dostat do podzemních vod. To zahrnuje například nelegální skládky, špatně fungující čističky odpadních vod nebo úniky ze starých kanalizačních systémů.